O seqüenciamento de um genoma vegetal é um projeto de grande porte, que envolve uma série de etapas experimentais e que conjuga a experiência de profissionais de diversas áreas. Para o sucesso de um projeto desse porte, são consideradas etapas fundamentais:
a caracterização prévia da proporção de bases G e C no genoma e o isolamento de regiões centroméricas;
a obtenção de marcadores de microsatélites e o isolamento de regiões teloméricas;
a construção de bibliotecas em cosmídeos e cromossomas artificiais, e o isolamento de regiões centroméricas;
a avaliação do tamanho do genoma e a construção de bibliotecas em cosmídeos e cromossomas artificiais;
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