O método de seqüenciamento através da terminação de síntese está baseado na incapacidade das enzimas que polimerizam DNA incorporar nucleotídeos após a incorporação de um nucleotídeo modificado, que tem como característica:
apresentar uma substituição do fosfato na posição 5' da desoxiribose por uma hidroxila;
apresentar uma substituição da pentose do desoxiribonucleotídeo por uma hexose;
apresentar apenas um hidrogênio na posição 3' da desoxiribose;
apresentar apenas um átomo de fosfato na posição 5' do nucleotídeo.
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