A manipulação e a separação de misturas complexas de DNA em fragmentos de diversos tamanhos através de eletroforese já era uma técnica bem conhecida nos anos 70. Geralmente, o DNA era extraído inteiro e depois tratado com enzimas para dividi-lo em fragmentos pequenos o suficiente para separá-los por eletroforese em gel de agarose ou acrilamida. Em relação à eletroforese de fragmentos de DNA, é correto afirmar que:
Na eletroforese em gel de poliacrilamida é possível separar grandes fragmentos de DNA bacteriano com mais de 10.000 kb variando-se a consistência do gel e a voltagem da corrente elétrica.
Ainda não é possível separar fragmentos de DNA com mais de 10.000 kb por eletroforese em gel, sendo necessária ação de enzimas para a produzir um grande número de pequenos pedaços, o que torna o processo muito trabalhoso.
Na eletroforese de campo pulsátil (PFGE – Pulsed field gel electrophorese), um número menor de fragmentos maiores de DNA podem ser separados em discretas bandas em gel de agarose porque a corrente elétrica muda de direção em intervalos de tempo e ângulos pré-determinados.
Não é possível estabelecer genótipos em gel de agarose ou de poliacrilamida. Para tanto são utilizadas técnicas como Southern blot e Northern blot.
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