Um plasmídeo de clonagem qualquer deve ter pelo menos certas características, resumidas numa das opções abaixo, que facilitam a clonagem e permitem avaliar a qualidade das bibliotecas genômicas com ele construídas. São elas:
um sítio múltiplo de restrição (MRS ou poly-linker), uma origem de replicação e um gene de resistência a drogas cuja ORF deve conter o MRS.
um sítio de restrição único para determinada enzima, localizado na ORF de um gene de resistência a uma droga A, um segundo gene para resistência a uma droga B e uma origem de replicação.
um sítio de restrição único para a enzima escolhida, um gene de resistência fora deste sítio e uma origem de replicação.
uma origem de replicação, um promotor 5' do inserto, e um gene de resistência a droga.
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