Corantes químicos há muito vêm sendo utilizados, fornecendo importantes informações para o diagnóstico das mais diversas alterações nas células, oferecendo subsídios, em alguns casos, para o reconhecimento de pequenas modificações no genoma celular. Mesmo hoje, quando as técnicas moleculares ainda não estão amplamente disponíveis em decorrência de sua complexidade e alto custo, a microscopia tem servido como um importante instrumento de triagem e diagnóstico. Em relação à coloração do núcleo celular, podemos afirmar que
O corante Giemsa é específico para as estruturas nucleares, sendo utilizado principalmente para a observação das bandas Q nos cromossomos.
O corante Feulgen permite distinguir entre a heterocromatina constitutiva e a facultativa pelo grau de compactação do DNA. A heterocromatina do tipo constitutivo apresenta DNA mais compactado do que a do tipo constitutivo.
As posições e tamanhos das bandas são altamente específicos de cada cromossomo, sendo bons marcadores citogenéticos e o hidrocloreto de quinacrina é um corante que permite observar os padrões das bandas G e R.
As regiões nucleares densamente coradas pelo corante de Feulgen, são chamadas de heterocromatina e as regiões pouco coradas são chamadas de eucromatina. A distinção reflete o grau de compactação ou helicoidização do DNA no cromossomo.
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