A. é opc...

Adjunto adverbial deslocado - ideia de tempo - onde há apenas 1 elemento. Portanto, é opcional o uso da vírgula, pois até 3 elementos é facultativo.

Máxima vênia ao colega acima, em que pese a justificativa correta, entendo que a opinião majoritária, que é confirmada pela Academia Brasileira de Letras: um adjunto de até duas palavras é considerado curto.
Porém, o Português não é tão exato, e faz com que nós, concurseiros, tenhamos que depender da interpretação da Banca.

A) é opcional logo após o termo “No começo” (linha 1)

Correto. É adjunto adverbial de pequena extensão, portanto a vírgula se torna facultativa

B) deveria ter ocorrido entre os termos “conhecida” (linha 3) e “em Portugal” (linha 3)

Errado. "em Portugal"  marca um adjunto adverbial de lugar

C) está incorreto logo após o termo “No Brasil colonial” (linha 4).

Errado. O uso não está incorreto, é um adjunto adverbial.

D) poderia ter ocorrido entre os termos na passagem “as povoações e as fazendas” (linha 5).

Errado. Vírgula antes do E somente se forem sujeitos diferentes ( ex: Ana estudou, e jucélia trabalhou), se tiver sentido de contraste ( ex: estudei muito, e não entendi nada) ou fizer parte de uma repetição de conjunção ( ex: ...,e...,e...,e...,e)

E) é opcional entre os termos “os donos das boticas” (linha 8) e “eram” (linha 9).

Errado. vírgula entre sujeito e verbo não pode!!! ( Quem eram profissionais? Os donos das boticas)

Até duas palavras: Vírgula FACULTATIVA!

A D não pode ser, pois "e" indica uma conjunção aditiva, e antes dela, não existe vírgula.