Assinale a alternativa que apresenta a correta negação...

"Ao menos um" significa "pelo menos um" "no mínimo um".
O enunciado da questão afirma "Nenhum". Se apresentarmos "pelo menos um", já estamos negando a afirmativa.

Não entendi o porque de ser letra D
a pergunta diz claramente "nenhum" e na letra D diz "Ao menos um município "

O gabarito está correto, letra D. Pois o comando da questão pede a negação "Nenhum município do sul da Bahia é atendido pela Universidade Federal do Sul da Bahia".

A negação de "Nenhum" é "Algum" "Existe" ou "Ao menos/Pelo menos um" Então para negar o quantificador "Nenhum" basa trocar por um dos sinônimos descrito acima e manter o resto da frase.
A letra B está errada, pois a negação do quantificador "Nenhum" não altera a frase negando-a junto e sim, bastando trocar o quantificador. O resto permanecendo igual.

Pra mim a resposta correta seria a letra "B", pois troca o quantificador universal (nenhum) por um existencial (algum, pelo menos um, existe) e atribui o "não" como ideia de negação.